Um dos grandes mistérios de Fate/Stay Night é a verdadeira identidade de Archer. O anime dá algumas dicas de quem seria, principalmente do episódio 14, onde há uma das melhores batalhas que não é contada no visual novel, Archer contra Berserker. Sozinho, ele consegue tirar 5 vidas de Berserker usando seus Fantasmas Nobres, mas infelizmente acaba sendo morto. No final do episódio podemos notar que o corpo de Archer desaparece, mas a jóia que ele carregava permaneceu no chão. Em vários momentos do anime, Archer critica as ações tomadas por Shirou, além de não aprovar o lado Defensor da Justiça (Que prefiro chamar de "super-herói") dele. Somente em Unlimited Blade Works conhecemos as verdadeiras intenções e identidade de Archer: ele é Emiya Shirou de um possível futuro. Será que Archer critica tanto o Shirou para ele seguir seus ideais mais a sério ou é por não querer ver Shirou acabar como ele? É o que vamos falar aqui.
Archer foi invocado pela Tohsaka Rin que usou um pingente dada pelo seu pai, Tohsaka Tokiomi. Esse pingente é o mesmo que Tohsaka usa em Shirou após ele ser mortalmente ferido por Lancer no coração, por isso o pingente serviu de um catalizador para Archer. Mas por causa da falha em sua invocação, ele acaba perdendo parte de sua memória e não se lembra quem é, mas é capaz de se recordar de alguns eventos, como sendo salvo por Kiritsugu e ter conhecido a Saber. Quando vivo, Archer queria salvar todas as pessoas do mundo, todas que seus olhos podiam ver, sua ambição era tão grande que ele queria se tornar um Espírito Heróico para continuar salvando as pessoas mesmo depois de morto. Por isso, Emiya fez um pacto com o Mundo (
Arayashiki). Com o pacto feito, ele seguiu para a guerra para achar um meio de pará-la, mas Emiya foi injustiçado, acusaram de ter causado a guerra e então o executaram. Morto, Emiya pensou que finalmente poderia se tornar um Espírito Heróico, mas isso não aconteceu, agora ele precisava matar pessoas para salvar a humanidade. Segue abaixo um trecho da conversa que Archer teve com Shirou e Saber:
Para salvar as pessoas, quantas vezes eu tive que pisar em cima dos sonhos de outras? Quantas pessoas eu as deixei morrer, para salvar só as pessoas na minha frente? Continuei pensando em coisas como 'Esta será a última vez', 'Desta vez não vou deixar ninguém triste', mas isso nunca acabava. Para salvar um país, eu tive que matar tantas pessoas que acabou se tornando algo rotineiro para mim. [...] Isso é o que você pode chamar de... herói.
Emiya foi forçado a matar mais pessoas do que ele havia salvado e após ver a verdadeira forma do ser humano e ser obrigado a se opor com seus ideais, ele começou a negar sua própria existência e sonho. A única esperança que restava nele era poder voltar no tempo, em uma era onde Emiya Shirou existia e matá-lo, criando um paradoxo e eliminando sua existência por completo.
Na rota original, Archer não consegue deter Shirou, mas acaba dando conselhos para que ele usasse seu poder. Em Unlimited Blade Works, Archer consegue se desfazer do pacto com Tohsaka e revela sua vontade de participar da guerra pelo Cálice Sagrado, mas o Shirou deste universo mostra a Archer que ele pode mudar seu futuro e evitar a tragédia que ele passou. Finalmente em Heaven's Feel, Archer desiste de matar Shirou ao perguntar o que ele faria com Matou Sakura, Shirou responde que prefere desistir de seu sonho e salvar a pessoa que ama. Ao ouvi isso, Archer decide ajudar Shirou a salvar Sakura.