Depois de 10 anos, Shirou começa a tomar conta da casa dele com a ajuda da Fujimura Taiga, sua professora e Matou Sakura, uma caloura da mesma escola. Todos os dias de manhã Shirou treina seu corpo e a noite sua habilidade mágica: analisar a estrutura de objetos. Em uma certo dia, Shirou fica mais tempo na escola limpando o dojo a pedido de um amigo, mas a limpeza é interrompida por uma barulho que vem do pátio da escola. Shirou sai do dojo para ver o que está havendo. 2 guerreiros misteriosos começam a lutar. Um homem de vestimentas vermelhas segurando duas espadas pequenas e um outro homem de azul com uma lança. Shirou se assusta sai correndo, mas o homem de azul percebe que ele estava lá e o persegue. Sem para onde correr, Shirou acaba com o coração perfurado e cai no chão.
Após algum tempo, Shirou recobra a memória e percebe que ele realmente havia morrido, mas por algum motivo ainda estava vivo. Ainda assustado, ele volta para casa, mas percebe que o homem de azul havia o seguido. Para se defender, Shirou muda a estrutura de um poster enrolado e o transforma em um objeto de aço. Tudo em vão, Shirou é jogado contra o armazém que existe no fundo de sua casa. Shirou fica frustrado por morrer sem conseguir salvar ninguém, o homem de azul prepara para o golpe final quando um circulo mágico aparece no chão atrás de Shirou, dentro dele sai uma garota que intercepta o golpe do homem com lança mandando-o para fora do armazém. A garota se vira para Shirou e diz:
Após algum tempo, Shirou recobra a memória e percebe que ele realmente havia morrido, mas por algum motivo ainda estava vivo. Ainda assustado, ele volta para casa, mas percebe que o homem de azul havia o seguido. Para se defender, Shirou muda a estrutura de um poster enrolado e o transforma em um objeto de aço. Tudo em vão, Shirou é jogado contra o armazém que existe no fundo de sua casa. Shirou fica frustrado por morrer sem conseguir salvar ninguém, o homem de azul prepara para o golpe final quando um circulo mágico aparece no chão atrás de Shirou, dentro dele sai uma garota que intercepta o golpe do homem com lança mandando-o para fora do armazém. A garota se vira para Shirou e diz:
Servo Saber acaba de ser invocado. Eu lhe pergunto... é você o meu mestre?
Shirou não consegue responder, a beleza da garota diante dele o impede de soltar qualquer palavra. Ele foi o último mestre a invocar o último servo dando início a nova Guerra pelo Cálice Sagrado. Daqui em diante, Fate/Stay Night segue por 3 rotas diferentes: a original, Unlimited Blade Works e Heaven's Feel. A visual novel original foi feita para o PC e contém cenas de sexo explícito, mais tarde, em 2007, ganhou uma versão para PS2 chamada "Realta Nua", as cenas de sexo foram removidas, assim como parte da história foi alterada por causa disso, além dos personagens agora terem vozes, as mesmas do anime. Em 2012, uma nova versão foi lançada para PSVita com aberturas feita pela ufotable, pouco tempo depois, Realta Nua saiu para PC, mas com as histórias separadas. Em 2013, depois de confirmar a parceria da ufotable em suas produções, a Type-Moon anunciou a versão para Android e iOS da rota original.
Rota original
Esta rota conta a história da Saber, o servo de Shirou, qual é a verdadeira identidade dela e o seu desejo. Também é a rota onde toda guerra segue sem interrupções. Não é mostrado todos os servos, diferente do anime, a luta contra Berserker e Archer não é mostrada e nem o arco da Caster, assim Saber nunca termina sua luta contra Assassin. Mas ela consegue recuperar toda sua força e o mistério do acidente de 10 anos atrás é revelado. Nesta rota Shirou continua com seu sonho de ser um Defensor da Justiça. Em 2006, o estúdio DEEN adaptou essa rota em um anime de 24 episódios, em 2010, para comemorar o lançamento do filme, eles fizeram um especial de 2 episódios contando a história completa, nada mais foi do que um compilado da série de TV, o especial ficou conhecido como Fate/stay night TV Reproduction.
A rota só está acessível depois de terminar a rota original. A história muda no momento em que você consegue impedir que a Saber ataque o Archer no começo. Assim, eles podem lutar juntos com Berserker, mudando completamente a história. A relação que se desenvolve é com Tohsaka Rin. Nesta rota Archer começa a questionar o ideal de Shirou a ponto de querer matá-lo. É nesta história que vemos o Unlimited Blade Works de Shirou e do Archer. Há dois finais alternativos para esta rota. Em 2010 o estúdio DEEN fez um filme dessa história, história bastante corrida e não foi suficiente para mostrar todos os detalhes dela. Em 2014, a ufotable fez a sua versão, agora bem mais fiel ao Visual Novel e com cenas extras.
Heaven's feel
Você só consegue acessá-la quando terminar todas as outras rotas. A protagonista desta vez é a Matou Sakura. Na minha opinião a melhor de todas as rotas. A história original muda quando Shirou decide patrulhar com a Saber pela cidade para evitar que mais pessoas morram. Novos personagens entram na história, como Matou Zouken, avô de Shinji, o verdadeiro servo Assassin e Alter Saber. Nesta história todo o passado da Sakura mostrado em Fate/Zero é revelado ao Shirou. Sakura se corrompe e começa a se tornar uma ameça para o mundo inteiro, Shirou então é obrigado a fazer uma escolha, salvar a pessoa que ama e desistir de seus sonhos ou seguir com eles e matar a pessoa que ele ama. Em 2014, a ufotable revelou que vai fazer um filme desta rota que será lançado em 2017 e dividido em três filmes.
Rota original
Unlimited Blade Works
Heaven's feel
Você só consegue acessá-la quando terminar todas as outras rotas. A protagonista desta vez é a Matou Sakura. Na minha opinião a melhor de todas as rotas. A história original muda quando Shirou decide patrulhar com a Saber pela cidade para evitar que mais pessoas morram. Novos personagens entram na história, como Matou Zouken, avô de Shinji, o verdadeiro servo Assassin e Alter Saber. Nesta história todo o passado da Sakura mostrado em Fate/Zero é revelado ao Shirou. Sakura se corrompe e começa a se tornar uma ameça para o mundo inteiro, Shirou então é obrigado a fazer uma escolha, salvar a pessoa que ama e desistir de seus sonhos ou seguir com eles e matar a pessoa que ele ama. Em 2014, a ufotable revelou que vai fazer um filme desta rota que será lançado em 2017 e dividido em três filmes.
